k 248 src/grid_GridAndTime_impl.cpp range k {}; k 252 src/grid_GridAndTime_impl.cpp for(int i = 0; i < dim; ++i) if(!(iss >> k[i])) throw bad {"Non-number"}; k 254 src/grid_GridAndTime_impl.cpp const auto k2 = to_key(k); k 255 src/grid_GridAndTime_impl.cpp m.emplace(k2, k); k 278 src/grid_GridAndTime_impl.cpp range k {}; k 279 src/grid_GridAndTime_impl.cpp for(int i = 0; i < dim; ++i, ++it) k[i] = *it; k 280 src/grid_GridAndTime_impl.cpp const auto k2 = to_key(k); k 281 src/grid_GridAndTime_impl.cpp m.emplace(k2, k); k 292 src/grid_GridAndTime_impl.cpp range k {}; k 294 src/grid_GridAndTime_impl.cpp for(int i = 0; i < dim; ++i, ++v_it) k[i] = *v_it; k 295 src/grid_GridAndTime_impl.cpp m.at(*m_it++) = k; k 299 src/grid_GridAndTime_impl.cpp auto grid::operator[](const range& k) const -> const range& try{ k 300 src/grid_GridAndTime_impl.cpp return m.at(to_key(k)); k 303 src/grid_GridAndTime_impl.cpp throw_with_nested(bad {to_string(k)}); k 305 src/grid_GridAndTime_impl.cpp std::string Esfem::Impl::hash::to_string(const range& k){ k 308 src/grid_GridAndTime_impl.cpp << setprecision(17) << k[0] << ", " k 309 src/grid_GridAndTime_impl.cpp << setprecision(17) << k[1] << ", " k 310 src/grid_GridAndTime_impl.cpp << setprecision(17) << k[2] << ')'; k 53 src/grid_deformation.cpp const double r_end = 2., r0 = 1., k = .5; // logistic function parameter k 54 src/grid_deformation.cpp const double r = r_end * r0 / (r_end*exp(-k*t) + r0*(1-exp(-k*t))); k 158 src/maxH_main.cpp double k {.5}; k 159 src/maxH_main.cpp double rt {(rE * rA)/( rE * exp(-k*t) + rA *( 1 - exp(-k*t)))}; k 72 src/secOrd_op_initData_impl.cpp const double k = .5, // should be read from a parameter file k 74 src/secOrd_op_initData_impl.cpp factor = k * (1 - r_d_rEnd); k 192 src/secOrd_op_initData_impl.cpp k {Parameter::getValue<double>("logistic_growth.steepness", .5)} k 201 src/secOrd_op_initData_impl.cpp ekt = exp(-k*tp.time()), k 211 src/secOrd_op_initData_impl.cpp k {Parameter::getValue<double>("logistic_growth.steepness", .5)} k 219 src/secOrd_op_initData_impl.cpp ekt = exp(-k*tp.time()), k 222 src/secOrd_op_initData_impl.cpp y *= k * (1. - rt/ rE); k 262 src/secOrd_op_initData_impl.h double k; k 294 src/secOrd_op_initData_impl.h double k; k 57 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp const double k {Parameter::getValue<double>("logistic_growth.steepness", .5)}; k 65 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp dassert(k > 0, Assert::compose(__FILE__, __LINE__, "Steepness non-positive")); k 70 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp fun_impl = [&tp = tp, rA, k, rE] k 76 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp r = 2*k*x*y*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1)*exp(-6*t) - (k*(pow(x,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1) + k*(pow(y,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1) + k*(pow(z,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1))*x*y*exp(-6*t) + 4*pow(x,3)*y*pow(z,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),3) + 4*x*pow(y,3)*pow(z,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),3) - 6*x*y*exp(-6*t) + 2*(pow(x,3)*y*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) + (pow(x,3)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - x/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*y*exp(-6*t) - x*y*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*(pow(x,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1) + (4*pow(x,2)*pow(y,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - pow(x,2)*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - (pow(x,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*exp(-6*t))*x*y/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + (4*pow(x,2)*pow(y,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - pow(y,2)*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - (pow(y,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*exp(-6*t))*x*y/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + 2*(x*pow(y,3)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) + x*(pow(y,3)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - y/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*exp(-6*t) - x*y*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*(pow(y,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1) + 2*(2*pow(x,2)*y*z*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - y*z*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*x*z/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + 2*(2*x*pow(y,2)*z*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - x*z*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*y*z/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + 2*(2*x*y*pow(z,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - x*y*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*(pow(z,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1); k 80 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp fun_impl = [&tp = tp, rA, k, rE, al, Dc] k 86 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp r = 2*k*y*z*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1)*exp(-6*t) - (k*(pow(x,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1) + k*(pow(y,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1) + k*(pow(z,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1))*y*z*exp(-6*t) - 6*y*z*exp(-6*t) + (4*pow(x,2)*pow(y,3)*z*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),3) + 4*pow(x,2)*y*pow(z,3)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),3) + 2*(2*pow(x,2)*y*z*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - y*z*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*(pow(x,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1) + 2*(2*x*pow(y,2)*z*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - x*z*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*x*y/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + 2*(pow(y,3)*z*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) + (pow(y,3)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - y/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*z*exp(-6*t) - y*z*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*(pow(y,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1) + 2*(2*x*y*pow(z,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - x*y*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*x*z/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + (4*pow(y,2)*pow(z,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - pow(y,2)*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - (pow(y,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*exp(-6*t))*y*z/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + (4*pow(y,2)*pow(z,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - pow(z,2)*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - (pow(z,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*exp(-6*t))*y*z/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + 2*(y*pow(z,3)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) + y*(pow(z,3)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - z/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*exp(-6*t) - y*z*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*(pow(z,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1))*Dc; k 109 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp k {Parameter::getValue<double>("logistic_growth.steepness", .5)}, k 120 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp const double e_kt = exp(-k * t); k 123 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp cache[1] = k * ( 1 - r_t / r_end); k 161 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp k {Parameter::getValue<double>("logistic_growth.steepness", .5)}, k 170 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp a_til = k * (1 - norm/rE), k 206 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp k {Parameter::getValue<double>("logistic_growth.steepness", .5)} k 210 src/secOrd_op_rhs_impl.cpp return 2*k*x*y*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1)*exp(-6*t) - (k*(pow(x,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1) + k*(pow(y,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1) + k*(pow(z,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*(rA/(rA*(exp(-k*t) - 1) - rE*exp(-k*t)) + 1))*x*y*exp(-6*t) + 4*pow(x,3)*y*pow(z,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),3) + 4*x*pow(y,3)*pow(z,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),3) - 6*x*y*exp(-6*t) + 2*(pow(x,3)*y*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) + (pow(x,3)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - x/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*y*exp(-6*t) - x*y*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*(pow(x,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1) + (4*pow(x,2)*pow(y,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - pow(x,2)*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - (pow(x,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*exp(-6*t))*x*y/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + (4*pow(x,2)*pow(y,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - pow(y,2)*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - (pow(y,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1)*exp(-6*t))*x*y/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + 2*(x*pow(y,3)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) + x*(pow(y,3)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - y/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*exp(-6*t) - x*y*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*(pow(y,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1) + 2*(2*pow(x,2)*y*z*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - y*z*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*x*z/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + 2*(2*x*pow(y,2)*z*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - x*z*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*y*z/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) + 2*(2*x*y*pow(z,2)*exp(-6*t)/pow(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2),2) - x*y*exp(-6*t)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)))*(pow(z,2)/(pow(x,2) + pow(y,2) + pow(z,2)) - 1); k 136 src/secOrd_op_rhs_impl.h double k; k 194 src/secOrd_op_rhs_impl.h double k; k 271 src/secOrd_op_rhs_impl.h double k;